От това време нататък Тимотей бил постоянен спътник на св. ап. Павел, който му възлагал важни поръчения. Сведенията, които Тимотей донесъл на своя учител от Солун в Коринт (1Сол. 3:1-3), станали повод за написването на Първото послание до християните в Солун.
Важна роля по отношение на коринтските християни има ап. Тимотей и при третото пътешествие на ап. Павел (1Кор. 4:17, 16:10; Рим.16:21). Заедно с други шест спътници Тимотей придружавал учителя си и до Йерусалим (Деян. 20:4). Тимотей бил заедно със затворения Павел в Рим (Кол. 1:1; Филим. 1; Фил. 1:1), и св. Павел съобщава, че ученикът му преди него бил освободен (Евр.13:23). През последните години на ап. Павел той бил поставен като негов заместник на отговорното апостолско поприще в Ефес (1Тим. 1:3).
Скоро преди смъртта си ап. Павел чувства копнеж да го види и му поръчал да отиде в Рим (2Тим. 4:11), след което Тимотей отново се върнал в Ефес. Евсевий Кесарийски (263-339) в своята "Църковна история" го нарича "първи епископ на Ефес".
Св. ап. Тимотей бил умъртвен на 22 януари 97 г. от езическа тълпа, защото излязъл пред езическото шествие и го изобличил за безсрамните действия по време на Артемидините тържества.
Светите му мощи са били пренесени от император Констанций (337-361) в Цариград и положени заедно с мощите на св. Лука и св. Андрей Първозвани в храма "Св. апостоли". По-късно били отнесени в Италия от кръстоносците.
В канона на новозаветните свещени книги влизат две Павлови послания до св. апостол Тимотей (1Тим., 2Тим.), които принадлежат към неговите "пастирски послания". Първото е написано след "първите окови" на ап. Павел, а второто малко преди неговата мъченическа смърт в 67 година.
