Чудото извършено от Божията майка е описано от Ананий Клинис, тогавашен игумен в манастира „Св. Кирик и Юлита". Ето какво пише за него в един синаксар (съкратено изложение на жития на светци или на празници): петата събота на Великия пост, православните отдават акатистна похвала на Пресветата, Пречиста, Преблагословена, Владичица наша Богородица и Присно Дева Мария, възпоменание на светата чудотворна икона на Пресветата Богородица, наречена „Благодатна", която се намира в свещения стар храм в с. Воден. Чрез тая свята и чудотворна икона Пресветата Майка, изпросвайки от Христа, ни дарява безбройни, благодатни изцеления на телесни и душевни недъзи. Възпоминание на чудото с неплодната жена, която като беше закъсняла поради дългия път за празника на Благодатната Богородица Дева Мария не можа да получи благословен хляб и като счете това за лош знак, ридаеше и се окайваше за своята неплодност. Йереят, като чу плача и риданията на жената много се натъжи и като не намери и троха, останала от благословения хляб, разбирайки причината за мъката на жената, смут обхвана душата му. И видя старецът една ябълка, оставена в дар пред светата, чудотворна икона „Благодатна Богородица Дева", взе я и я даде на жената като благословение, а тя като прие ябълката с гореща вяра се успокои. И не след много време жената се оказа трудна. Като се роди рожбата й, от вяра и благодарност към Божията Майка, тя употреби много средства и богато украси светата икона, като даде да изковат една златна ябълка и я дари за спомен на Великата благодат. Поменете ме всички, които четете и слушате този синаксар, като кажете за мене грешния Ананий Клинис, Бог да го прости и помилва".
Чудото описано в синаксара е станало в петата събота от Великия пост през 1765г., след прочитане на целия Богородичен канон и акатист на вечернята в петък. Оттогава до днес съществува традиция чудотворната икона на Пресвета Богородица да се обкичва с венци от ябълки, като се започва от първия петък на поста, когато се чете първата статия на Богородичния акатист. Там те престояват пет седмици и на празника се раздават на безплодни жени. Също така се изработва специален колан от три бели конеца, който жените носят докато не заченат и не родят. Преданието разказва, че през 1818г. бездетна жена нощувала в храма и Божията майка й се явила на сън. Поръчала й на разсъмване да излезе пред храмовата порта, където ще я чака жена с три макари. Да обиколи храма и с конците да изплете коланче, което да носи на кръста си докато роди.
Многобройни са чудесата извършени от Света Богородица пред Нейната икона „Златна ябълка". Някои са описани в поименници, които се пазят в местния музей, а други са запазени чрез преданията. Местните хора разказват, че през 1934 г. сестрата на цар Борис ІІІ княгиня Евдокия преспала в църквата и оздравяла от болест, която я измъчвала от дълго време. В знак на благодарност монархът подарил на храма мрамор, с който е облицован подът и златно енголпие на чудотворната икона.
