След това Иоан се отдалечил в пустинята и прекарал отначало четири години с други монаси, а след това две години в пълно уединение. В пустинята Иоан Златоуст написал "Слово за свещенството" по повод укорите на неговия другар - епископ Василий за бягството на Златоуст от епископството. Това слово, най-добро от светоотеческите писания, изобразява какъв трябва да бъде християнският пастир и какви са задълженията му.
Разстроеното от подвизи здраве накарало Иоан да напусне пустинята и да се върне в Антиохия. В 381 г. той бил посветен за дякон и посещавал богатите, измолвайки подаяния за бедните, на които той, обхождайки домовете, раздавал милостиня. При това сам виждал картините на нищета и глад в богатия град, което, поразявайки любещата дуща на Златоуст, намирало израз в проповедите му, дишащи любов, особено към обидените и угнетените.
Своите проповеди, събиращи огромно множество слушатели, свети Иоан произнасял не по-малко от два пъти в седмицата, а понякога и всеки ден; голяма част от тях той произнасял без предварителна подготовка, и силата на проповедническия му дар била толкова голяма, че слушателите нерядко, според обичая на времето, прекъсвали поучението с ръкопляскания. Но често увещанията и изобличенията на проповедника предизвиквали у тях сълзи и стонове на разкаяние.
Най-добрите проповеди, произнесени от Златоуст в Антиохия, били тези 19, които казал след свалянето на намиращата се на улицата статуя на императрица Плацила от недоволните от новия налог антиохийци. Такова оскърбление на величеството заплашвало града с пълно изтребление; епископ Флавиан се отправил към императора да ходатайства за града и в негово отсъствие смутеното паство утешавал златоустият проповедник.
В 397 г. Иоан, смирен Антиохийски презвитер, бил избран за архиепископ на Константинопол, по указание на приближения на императора велможа Евтропий. Поради страх, че антиохийците няма да пуснат любимия свещеник да си отиде, Иоан Златоуст бил изведен от града с измама. Тежко бреме наложил върху себе си Иоан със сана на Контантинополски епископ. Чуждият и неизвестен на двора и велможите епископ, неустройващ пирове, както правели неговите предшественици, и сам неходещ на тях, възбуждал против себе си недоволството на мнозина. Недоволно било и духовенството на столичния град, разпуснато и непривикнало към необходимата дисциплина, която му наложил Златоуст.
Голяма част от парите, отпускани за негова издръжка, свети Иоан давал за бедните и построил в Константинопол няколко болници и приюти. Любовта на свети Златоуст към бедните, подтиквайки го да увещава богатите към даване на милостиня и да ходатайства за нямащите, възбудила недоволство сред състоятелните слоеве на населението - започнали да обвиняват светия архиепископ в предизвикване на вражда у бедните към богатите. Свети Златоуст настроил против себе си и императрица Евдоксия, която в Златоустовото изобличение на разкоша и суетността на константинополските жени видяла намек за себе си.
Всичко това довело до факта, че в 403 г. бил съставен събор от личните врагове на свети Златоуст, известен в историята под името "събор под дъба", който несправедливо осъдил Златоуст (между другото и за това, че той "не познава гостоприемството"), след което бил изпратен на заточение. Но последвалото след това възмущение от страна на народа и страшното земетресение, в което Евдоксия видяла израз на Божия гняв за гонението на невинния архиепископ, заставили императрицата да върне Златоуст. Но тъй като и след завръщането си Иоан не променил начина си на живот, изобличавайки пороците на двора и защитавайки бедните, в 404 г. го постигнало второ заточение. В началото той прекарал две години в Кукуза в Армения, откъдето го изпратили на заточение на друго място, но по пътя той починал (14 септември 407 г.), с думите: "слава Богу за всичко!".
Творенията на свети Иоан Златоуст още в IV и V век придобили голяма известност в целия християнски свят: те се пазели като скъпоценност в царските чертози и се изписвали със златни букви. Много от тях не са достигнали до наши дни, но от него са се запазили толкова съчинения, колкото от никой друг отец и учител на Църквата. По гръцкия часослов всички творения на Иоан Златоуст, достигнали до наши дни, наброяват до 1447, и 244 писма.
Най-голямата част от запазилите се творения на Иоан Златоуст са проповеди и църковни беседи. Проповедите на свети Иоан поразяват със своята стройност, дълбочина на мисълта и разнообразие на съдържанието. "Не говоря за другите - пише свети Исидор за Златоуст, - сам Ливаний, толкова известен със своето красноречие, се изумявал от езика на знаменития Иоан, от изяществото на мислите и силата на доказателствата".
За най-добри от проповедите на свети Иоан Златоуст справедливо се смятат беседите към антиохийския народ за статуите, словото за Евтропий, словото "за бедните", словото след напускането на столицата и след завръщането в столицата, похвалните слова за апостол Павел. В своите проповеди Златоустият учител предлагал наставления за почти всички частни предмети на християнския живот.
Освен това в продължение на цялото си обществено служение той обяснявал в беседи Свещеното Писание, предимно Новия Завет. Всяка от обяснителните беседи на Златоуст се състои от две части: в едната той се занимава с обяснение на текстовете от словото Божие, а в другата предлага нравствени наставления.
Собствено догматическите съчинения на свети Иоан Златоуст не са много и всички те са проникнати от грижата му за нравственото изправяне на вярващите. Сред последния вид съчинения трябва да отбележим книгата до Стагирий, в която се разглежда въпросът, защо страданието постига и праведниците, независимо от съществуването на Божия Промисъл.
Заслужават внимание и 5 слова за непостижимото, произнесени като изобличение на еретиците аномеи, които се стремели въз основа на собственото си мъдруване да обяснят отношението на Бог-Отец към Бог Син и учели, че Син Божий е тварно същество и е сътворен от Отца от нищото.
Освен това забележителна е и книгата на Иоан Златоуст за Светия Дух по учението за изхождането на Светия Дух от Отца.
В съчинението против иудеите и езичниците се доказва Божествеността на християнското учение с изпълнението на пророчествата и действията на християнското благовестие върху сърцата на хората, а в Осем слова против иудеите се показва, че иудейските обреди са отменени и поради това извършването им сега означава да се постъпва против Божията воля.
Свети Иоан Златоуст е славен и с това, че е учредил особен чин на литургията, която и сега носи неговото име [виж Св. Литургия, Pravoslavieto.com]. Свети Прокъл, ученик на Златоуст и впоследствие един от приемниците на Константинополската катедра, пише за този чин на литургията, установен от светеца:
"Св. Василий (Велики), постъпвайки с хората като с немощни, представил литургията в съкратен вид. След немного време нашият отец, златният по език Иоан, от една страна, като добър пастир, ревностно грижейки се за спасението на овците, и, от друга, имайки предвид слабостта на човешката природа, се решил да изтръгне из корен всеки сатанински предлог. Затова той, пропускайки много, учредил извършването на литургията в още по-съкратен вид".
Съкратената от Иоан литургия първоначално не съдържала в себе си всички песнопения, които съдържа сега, но те не изменили съществено реда на литургията.
