След смъртта на патриарх Тарасий Никифор е избран за константинополски патриарх. Когато при Лъв V Арменец отново иконоборците вземат връх, Никифор влиза в конфликт с императора. Като един от най-видните водачи на иконопочитателите, през май 815 г. бива снет от патриаршеския престол и изпратен на заточение, където прекарва 14 години и почива през юни 829 г.
През 847 г. по инициатива на патриарх Методий прахът му е пренесен в Цариград и погребан в храма „Св. Апостоли“. За заслугите му в борбата с иконоборците е канонизиран. До нас са достигнали няколко съчинения на патриарх Никифор, от които за българската история са особено важни неговата Хронография и Кратка история.
