Когато той бил на 12 години, умряла и майка му. За останалия сирак се погрижила приятелката на майка му, богатата и благородна София, която нямала деца. Тя била много състрадателна. По време на един глад в Галатия мнозина от жителите на Анкира оставяли на произвола на съдбата своите дечица, понеже нямали с какво да ги хранят. Климент, който и след майчината смърт се намирал под добро влияние, събирал тези дечица и ги водел в дома на София, а тя ги хранила и обличала. Благодарение на Климентовата помощ нейната къща се превърнала не само в дом за бедните, но и школа за възпитание. Защото нейният питомец учил тези изоставени деца и ги подготвял за кръщение.
Тези негови занимания и чистият му живот събудили общото уважение към него и затова рано приел свещенство, и едва достигнал 20 години, той бил избран за Анкирски епископ. Сега върху плещите му легнала не само грижата за Софиините питомци. Той с успех разпространявал християнството и укрепвал всички в евангелските добродетели.
Скоро настъпило времето на тежки изпитания за Църквата. Тъкмо в Мала Азия пламнал и се пръснал по света пожарът на деветото гонение срещу християните. Главният прицел на гонителите станали християнските епископи, останалите клирици и дори църковните четци. Органите на римската власт изпълнявали царския указ за гонението с такова усърдие, че в тъмниците не оставало място за углавните престъпници. Ревностният архипастир на Анкира бил първата жертва. Мъчителите изнемогвали и се сменяли един след друг в изтезанията. Пребит и стърган с железни зъбци, младият епископ не приличал на себе си. Цялото му тяло се превърнало на една рана; дори вътрешностите му се показали. Когато най-сетне го захвърлили в тъмницата, за общо изумление на другата сутрин го намерили напълно изцелен. Решили да го изпратят в Рим. Отново се заредили мъчения и тъмница, но на Бога било угодно да го прослави с такива изцеления, че поразеният народ масово изповядвал християнството и мнозина поради това приели мъченическа смърт.
От Рим той бил прехвърлен в Никомидия, където отново го предали на изтезания заедно с неговия новопокръстен ученик Агатангел. Никога не изнемогвала душата на великия страдалец. Като виждал с очите си, колко много люде преминават в християнството поради неговото страдание, свещеномъченикът просто се сродил с болката и сам желал все повече да страда.
Тъмничните надзорници припомнили на градското началство за отдавнашните затворници Климент и Агатангел: "Много години те са мъчени от разни властници, но са все живи и здрави, и ние почнахме да си мислим дали те не са безсмъртни?" По заповед на Максимин св. Климент бил отведен в Анкира и тогавашният управител наредил да го затворят в тъмницата и всеки ден да го измъчват най-жестоко. В продължение на два месеца всеки ден нанасяли по лицето и главата на удивителния мъченик 150 удара с чепата тояга. Самите мъчители били слисани от неговото непоколебимо търпение. Той понесъл изтезанията на единадесет мъчители от започването на гонението до мъченическата си смърт - цели 28 години.
По случай пристигането на нов анкирски управител на Климент било позволено да излезе от тъмницата в нощта срещу Богоявление (6 януари) и да остане сред своето паство до 23 януари. Той извършвал божествената служба и произнасял проповеди, в които предсказал своята скорошна смърт и близкото прекратяване на гоненията. По време на самото богослужение, когато принасял безкръвната евхаристийна жертва, св. Климент Анкирски бил обезглавен заедно със своите дякони Христофор и Харитон в 296 г. и техните останки били погребани от блажената София.
Св. мъченик Агатангел бил измъчван до смърт и починал малко по-рано, но неговата памет се празнува на 23 януари заедно с паметта на неговия учител св. Климент Анкирски.
